Các HTX, tổ hợp tác phân bố không đều, chủ yếu tập trung ở khu vực đồng bằng sông Hồng, chiếm gần 39%; tiếp đến là miền trung chiếm 24% và đồng bằng sông Cửu Long 11,6%; còn lại là ở các vùng khác.
Mặc dù số lượng HTX, tổ hợp tác nông nghiệp khá đông, và hằng năm vẫn có khoảng 11 nghìn đến 12 nghìn tổ hợp tác được thành lập mới, nhưng nhìn chung hoạt động chưa hiệu quả và thiếu bền vững, cho nên cũng có khoảng bảy đến tám nghìn tổ giải thể, hoặc tạm ngừng hoạt động. Các HTX còn tồn tại thì phần lớn hoạt động cầm chừng do thiếu vốn, thiếu tài sản và quản lý kém. Trong hoạt động, tỷ lệ các HTX xếp loại khá chỉ chiếm từ 10% đến 20%, còn lại là các HTX ở mức trung bình và yếu. Các tổ hợp tác có quy mô rất nhỏ, phổ biến chỉ từ 10 đến 30 hộ/tổ, hoạt động nhỏ lẻ, chủ yếu là kinh tế hộ gia đình.
Từ lâu, kinh tế hợp tác, trong đó có các HTX nông nghiệp, tổ hợp tác được xác định có vai trò quan trọng trong việc tạo công ăn việc làm, tăng thu nhập cho lao động nông thôn. Tuy nhiên, nhận thức của một bộ phận cán bộ, đảng viên và người dân về vai trò và tầm quan trọng của loại hình kinh tế này trong nền sản xuất nông nghiệp hàng hóa chưa đầy đủ; chưa xem tổ hợp tác, HTX như đòn bẩy thúc đẩy kinh tế hộ nông dân và là đối tác hợp tác hiệu quả của doanh nghiệp khi đầu tư, sản xuất, kinh doanh trong lĩnh vực nông nghiệp. Hoạt động của các HTX, tổ hợp tác chưa được các ngành, các cấp quan tâm chỉ đạo thường xuyên. Trong khi đó, trình độ và năng lực quản lý của cán bộ tổ hợp tác, HTX hạn chế; quy mô sản xuất manh mún, nhỏ lẻ; thiếu động lực để tạo sự liên kết chặt chẽ giữa các thành viên trong HTX và tổ hợp tác để mở rộng quy mô sản xuất, phát triển bền vững.
Ðể các tổ hợp tác, HTX nông nghiệp hoạt động có hiệu quả, trước hết các địa phương cần rà soát, đánh giá lại hiện trạng các tổ hợp tác, HTX và các mô hình liên kết đang hoạt động trên địa bàn để từ đó tổng kết rút kinh nghiệm, xây dựng mô hình; tham mưu, đề xuất với cơ quan chức năng các cơ chế, chính sách phù hợp. Tổ chức hướng dẫn và đăng ký lại cho tất cả các HTX đang hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp chuyển sang hoạt động theo Luật Hợp tác xã năm 2012. Củng cố, kiện toàn và nâng cao năng lực quản lý nghiệp vụ, chuyên môn cho đội ngũ cán bộ quản lý nhà nước về kinh tế hợp tác trong nông nghiệp từ Trung ương đến địa phương, các chủ nhiệm HTX, tổ trưởng tổ hợp tác, thành viên các hình thức tổ chức đại diện cho nông dân. Hoàn thiện cơ bản hệ thống cơ chế, chính sách hỗ trợ, thúc đẩy phát triển các loại hình kinh tế hợp tác trong lĩnh vực nông nghiệp.