Phát biểu ý kiến về vấn đề này, rất nhiều doanh nghiệp ghi nhận sự tiến bộ trong công tác kiểm dịch thực vật khi cho rằng, các quy trình kiểm tra đã được thực hiện khá nhanh, doanh nghiệp được tạo điều kiện tối đa khi làm thủ tục và những thắc mắc, kiến nghị của họ đã được cơ quan này giải quyết nhanh chóng và khá thỏa đáng. Tuy vậy, vẫn còn đó nhiều trường hợp khúc mắc mà nếu tập trung để giải quyết thì doanh nghiệp sẽ còn được hưởng lợi nhiều hơn thế.
Chẳng hạn như nhập khẩu DDGS (sản phẩm từ ngô) từ Mỹ. Ðây là vấn đề nhiều doanh nghiệp trước đây đã có ý kiến. Sau khi phát hiện một vài lô hàng có vật thể gây hại, Cục Bảo vệ thực vật yêu cầu nhà xuất khẩu phải hun trùng trước khi nhập vào Việt Nam. Ðương nhiên, để bảo vệ nền nông nghiệp Việt Nam, cơ quan kiểm dịch cần nhắc nhở doanh nghiệp yêu cầu nhà xuất khẩu bảo đảm hàng không có dịch hại và đó là điều được hầu hết các doanh nghiệp đều ủng hộ. Tuy nhiên, sau thời gian dài thực hiện và không phát hiện các sinh vật gây hại, trong khi hầu hết các nước Ðông - Nam Á và thế giới đều không yêu cầu quy trình đó, các doanh nghiệp đã đề nghị Cục Bảo vệ thực vật xem xét, bỏ yêu cầu nhà nhập khẩu hun trùng, hoặc tìm giải pháp khác để giảm chi phí, giúp doanh nghiệp tăng tính cạnh tranh.
Nhập khẩu nguyên liệu thức ăn chăn nuôi không chỉ phụ thuộc vào Cục Bảo vệ thực vật. Ðể được thông quan, doanh nghiệp phải có chứng nhận kiểm tra chất lượng của Cục Chăn nuôi. Hầu hết các doanh nghiệp cho rằng, đây là khâu chậm nhất. Trong cả chuỗi quy trình thông suốt, chỉ cần một khâu chậm, doanh nghiệp vẫn bị ách tắc, mất thêm thời gian, chi phí. Cụ thể, nếu nhập hàng từ Thái-lan thì mất khoảng ba đến bốn ngày tới nơi. Khi đăng ký chất lượng với Cục Chăn nuôi thường mất năm ngày mới có kết quả, trong khi đó doanh nghiệp chỉ được năm ngày để làm thủ tục thông quan, chậm hơn sẽ phải chịu phí lưu công và lưu bãi. Phí lưu công 30 USD/công-ten-nơ/ngày, lưu bãi khoảng 7 USD/công-ten-nơ/ngày. Chưa hết, một lô hàng công ty nhập khẩu thường là hàng trăm tấn với giá trị thấp nhất cũng vài tỷ đồng, nếu doanh nghiệp phải vay lãi ngân hàng thì sẽ bị đội thêm mất bao nhiêu chi phí, chưa kể ảnh hưởng đến thời gian, kế hoạch sản xuất, kế hoạch giao hàng khiến họ có thể "thiệt đơn, thiệt kép". Chính vì vậy, các doanh nghiệp nhập khẩu thức ăn chăn nuôi đã kiến nghị cần có sự phối hợp giữa ba bên (Cục Bảo vệ thực vật, Cục Chăn nuôi và Hải quan) để giúp họ hoàn thiện các thủ tục hành chính nhanh gọn, giảm bớt các chi phí không cần thiết.
Doanh nghiệp kêu ca về thủ tục hành chính là "chuyện thường ngày" và là vấn đề không mới. Vì vậy, rõ ràng, "luôn luôn lắng nghe, luôn luôn thấu hiểu" cũng là một nhiệm vụ thường xuyên quan trọng của những cơ quan "gác cửa". Ðó cũng là đích đến trong cạnh tranh hội nhập.