Thực hiện các nhiệm vụ chuyên môn về phát triển nông nghiệp và phát triển nông thôn, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã và đang tổ chức triển khai thực hiện Đề án Tái cơ cấu ngành nông nghiệp gắn với xây dựng nông thôn mới và Nghị quyết số 37/NQ – HĐND ngày 14/12/2016 của HĐND tỉnh về việc phát triển kinh tế nông nghiệp theo hướng sản xuất hàng hóa, ứng dụng công nghệ cao, hình thức sản xuất tiên tiến, bền vững. Trong đó, xác định sản xuất nông nghiệp gắn với an toàn thực phẩm, sản xuất theo quy trình, tiêu chuẩn, áp dụng khoa học kỹ thuật, định hướng cho người nông dân thay đổi tập quán canh tác theo hướng nông nghiệp hữu cơ, nông nghiệp sạch, đảm bảo nông sản đáp ứng các tiêu chí về an toàn thực phẩm góp phần bảo vệ môi trường.
Cụ thể, trong lĩnh vực trồng trọt và bảo vệ thực vật Ninh Bình thường xuyên tuyên truyền, tập huấn về các biện pháp diệt chuột an toàn với môi trường bảo vệ sản xuất, các biện pháp thâm canh tổng hợp trong sản xuất lúa; các biện pháp quản lý dịch hại tổng hợp dịch hại; về an toàn thực phẩm trong lĩnh vực bảo vệ thực vật và các biện pháp thu gom bao bì thuốc BVTV sau khi sử dụng. Hỗ trợ triển khai thực hiện các mô hình sản xuất theo quy trình, tiêu chuẩn, các hình thức sản xuất tiên tiến, bền vững góp phần bảo vệ môi trường. Hỗ trợ cấp chứng nhận cơ sở trồng trọt đủ điều kiện sản xuất an toàn cho 2 vùng sản xuất rau tại xã Yên Từ (huyện Yên Mô) và xã Văn Phong (huyện Nho Quan), xây dựng 3 vùng sản xuất lúa theo tiêu chuẩn VietGap. Chỉ tính riêng năm 2016 Ninh Bình đã xây dựng và đưa vào sử dụng trên 116 bể đựng vỏ, bao bì thuốc BVTV sau sử dụng.
Trong lĩnh vực chăn nuôi thì thường xuyên tổ chức các đợt kiểm tra các cửa hàng kinh doanh thuốc thú y, các cơ sở giết mổ động vật về công tác chấp hành các quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường, vệ sinh an toàn thực phẩm… Khuyến khích chuyển dịch cơ cấu vật nuôi theo hướng phát triển bền vững gắn liền với bảo vệ môi trường như: mô hình chăn nuôi gà an toàn sinh học, mô hình chăn nuôi lợn trên đệm lót vi sinh, công nghệ chuồng trại tiên tiến như chuồng kín, công nghệ xử lý chất thải bằng men vi sinh, máy vắt, bể bioga phủ bạt composit…
Đối với lĩnh vực thủy sản khuyến khích người dân ứng dụng công nghệ mới vào quá trình ương, nuôi, giám sát và xử lý chất lượng nước. Thường xuyên tuyên truyền tổ chức các cuộc thanh tra, kiểm tra bảo vệ nguồn lợi thủy sản nhằm ngăn chặn các phương tiện đánh bắt có tính hủy diệt nguồn lợi thủy hải sản.
Bên cạnh đó, Ninh Bình tiếp tục triển khai thực hiện Quy hoạch bảo tồn và phát triển bền vững các khu rừng đặc dụng, tăng cường kiểm tra công tác bảo vệ rừng, PCCCR, trồng và chăm sóc rừng. Bảo vệ ngăn chặn việc khai thác rừng, lấn chiếm sử dụng đất rừng trái phép, quản lý động vật hoang dã, chim hoang dã, tuần tra, kiểm tra bảo vệ rừng tại gốc, vùng giáp ranh…
Có thể nói, những năm qua công tác bảo vệ môi trường trong lĩnh vực nông nghiệp nói riêng và tất cả các lĩnh vực trên địa bàn toàn tỉnh Ninh Bình nói chung đã có những chuyển biến tích cực. Mức độ gia tăng ô nhiễm giảm đáng kể, suy thoái môi trường đã dần được hạn chế, công tác bảo tồn thiên nhiên và bảo vệ đa dạng sinh học đã đạt được những tiến bộ rõ rệt.